Sekolah ini didirikan di atas tapak bekas ladang kelapa sawit seluas 11 ekar. Pembinaan sekolah ini bermula pada tahun 2000 dan siap sepenuhnya pada penghujung tahun 2002.
Sekolah ini mula dibuka pada 6.1.2003 dengan nama asalanya ialah Sek.keb. Putrajaya 3. Melalui penstrukturan semula nama sekolah oleh Pejabat Pelajaran Wilayah Persekutuan Putrajaya (PPWPP) pada tahun 2007, Nama sekolah ini telah bertukar kepada Sek. Keb Putrajaya Presint 16(1).Sekolah ini mula menerima pelajar pada 11.1.2003 seramai 600 org murid. Sehingga kini, jumlah murid adalah seramai 792 termasuk 56 orang pelajar PraSekolah.
